中国知网查重会检查论文中的脚注。脚注是论文中不可或缺的部分，但在查重中也需要特别注意。首先，确保脚注的引用内容准确无误，不要存在错漏。其次，脚注内容也需要符合学术规范，不得存在抄袭现象。最后，在提交原创论文前，建议对脚注进行仔细排查和核对，以确保论文通过中国知网查重。

在处理原创论文中的查重脚注问题时，可以采取一些技巧来提高论文的通过率。首先，对于引用的内容，要注明详细的出处信息，确保脚注的准确性和完整性。其次，避免将他人的观点直接放在脚注中，而是要在正文中进行合适的引用和表述。最后，对于涉及重要观点或数据的脚注，可以适当在正文中进行强调，以减少查重时对脚注的过分关注。